D’après le livre « Les animaux des îles du Sud-ouest » (1995) édité par le Musée Préfectoral d’Okinawa la répartition des animaux qui habitent les îles du Sud-ouest sont :
1) Des animaux originaires d’Asie du Sud-est et du Sud de la Chine : la chauve-souris frugivore, le « ookuina », un petit échassier (en voie de disparition), habu (un serpent venimeux endémique aux îles du Sud-Ouest), kinobori-tokage (un lézard) et hime-amagaeru (une grenouille verte, entre autre.
2) Des animaux indigènes aux îles du Sud-Ouest : iriomote-yamaneko (chat sauvage de Iriomote), rat à longue fourrure, rurikakesu (un geai à plumes bleues), noguchi-gera (pic-vert d’Okinawa), yanbaru-kuina (caille d’Okinawa), Ryûkyû-yamagane (tortue des montagnes d’Okinawa), ibo-imori (une sorte salamandre), et yanbaru-tenaga-kogane (le plus grand scarabée du Japon) entre autre.
3) Des variations de couleur sont observées dans chaque île : il y a trois sous espèce de akahige (rouge-gorge) nami-akahige à Amami-Ôshima, hontô-akahige à Okinawa, usu-akahige sur les îles de Yaeyama.
4) Un ensemble d’animaux provenant du nord et du sud.
Les caractéristiques des animaux des iles du Sud-Ouest ont été grandement influencées par l’histoire de ces îles. Les déplacements furent retreints par l’environnement de ces îles entourées par l’océan et, dès lors, l’évolution a suivi une route unique. Ceci explique le nombre d’espèces propre aux îles du Sud-Ouest, qui sont souvent appelées « Les Galápagos d’Asie ».
Le Iriomote-yamaneko, découvert en 1965 ne se rencontre que sur l’île d’Iriomote. Il est le plus ancien des chats sauvage et reçoi le nom de « fossile vivant ». Quand les îles Ryûkyû étaient encore rattachées au continent asiatique, Iriomote-yamaneko se cantonna dans la partie qui, une fois que les eaux ont montées et que les plaques tectoniques se sont mises telles que nous les connaissons, ont donné naissance à l’île de Iriomote.
« Kenaganezumi » rat à poils longs ne se rencontre que dans les forêts du nord de l’île d’Okinawa appelée « yanbaru », les îles Amami-Ôshima et dans les forêts de Tokunoshima. Il est le plus grand des rats sauvage du Japon 24 cm du haut de la tête à la base de sa queue qui peut faire 30 cm. Ces rats nichent dans les trous des troncs des vieux ita-ji (genre de châtaigner).
Le nombre de vieux arbres « ita-ji » diminuant à cause des constructions, le nombre de ces espèces devient un gros problème.
« Yanbaru-kuina »,« noguchi-gera (oiseau totem de la préfecture),
« yanbaru-tenaga-kogane » le plus grand des scarabées du Japon, et « namiagaeru » grenouille verte, tous nichent dans ces arbres « ita-jii » et sont donc condamnés par la déforestation, alors qu’ils devraient être considérés et protégés comme des trésors.