Les coraux typiques de la faune marine d’Okinawa sont appelés « coraux hermatypiques ». Tokesugi-midoriishi (corail acropoïde), shikoro-sango (pavona decussata dara), kabuhama-sango (porites lutea M. Eduards Haime), otoge-sango (mussadae), umibara (physophylia ayleni), komon-sango (montipora spumosa) sont les variétés de coraux rencontrés dans les récifs d’Okinawa. Ceux-ci sont très différents des coraux rouges et roses (collallium japonicum, collallium elatius) que l’on rencontre à plusieurs centaines de mètres de profondeur et qui servent à la joaillerie.
Les récifs de coraux en eau peu profonde, sont une des zones les plus productives des océans.La raison de cette productivité, malgré le manque de plancton dans ces eaux relativement claires, comparée aux mers tempérées est dû à la variété des algues qui utilisent l’énergie solaire au maximum.
Le récif de proximité est le garde-manger, le lieu de reproduction et la maternité pour nombre de poissons. « Takasago » (une sorte de vivaneau, le poisson préfectoral), « sujiara » (une sorte de loup de mer), « budai » (une sorte de poisson-perroquet qui se nourrit dans le corail), « harisenbon » (un poisson-globe aux gros yeux globuleux), « erabu-umihebi » et « hirô-umihebi » (serpents de mer , très prisés dans la médecine chinoise), « shirahige-uni » (oursin, plus grandque ceux du reste du Japon), « himejako » (une palourde géante, au goût unique), « hamafuefuki » ( une sorte de brème) sont les poissons rencontrés dans ces récifs de proximité.
Feu Yoshimine Zenji, un photographe sous-marin, qui recueille des données sur l’état du corail depuis bien avant la rétrocession d’Okinawa au Japon en 1972 affirme : «Contrairement à la situation pré-réversion, je peux dire que 99% des coraux autour d’Okinawa ont été détruits de façon quasi-irrévocable ». Depuis cette époque, les entreprises publiques ont endommagées le récif.
Les coraux ont été ensevelis sous de la terre de remblais pour la construction d’hôtels. Ceci signifie des dommages irrévocables pour la vie marine de ces zones.
Le groupe de baleine croisant dans les eaux d’Okinawa comprend « zatô-kujira » (baleines à bosse), « shachi » (épaulards), « yumegondô » (épaulards nains), « minamibandô-iruka » (dauphins), « shiwaka-iruka » (une autre sorte de dauphins)…
La limite nord de l’habitat des dugongs, l’espèce internationalement protégée, est à Okinawa et on a découvert que dans les eaux japonaises, Okinawa est leur seul lieu où ils trouvent les algues dont ils se nourrissent.